Durch eine Schenkung an den Zisterzienserorden im Jahr 1232 von Graf Ludwig II von Rieneck und seiner Gemahlin Adelheid von Henneberg entstand aus dem ehemaligen Landgut Wolperch direkt an der Elsava gelegen das Kloster Himmelthal.Unter der geistlichen Aufsicht des Erzbistum Mainz und Dank zahlreicher Stiftungen gewann das Kloster schnell großen wirtschaftlichen Einfluss. Um 1400 verteilte sich Besitz und Rechte über den gesamten Untermain in mehr als 80 Ortschaften.Nach 1400 sind keine Schenkungen mehr verzeichnet und somit eine wichtige Einnahmequelle versiegt. Auch mit der asketischen Lebensweise der Zisterzienserinnen nahm es die Nonnen vom Untermain nicht mehr so genau. Von dieser Zeit erzählt auch eine Volkssage ‚der Teufelsritt der Nonne Agnes’, die während eines Unwetters bei einem Schäferstündchen mit einem Jäger vom Blitz getroffen wurde und verschwand. Ein Steinrelief auf der Westseite des Klosters nahe der Südwestecke erinnert heute noch an diese Begebenheit und zeigt den Teufel in Wolfsgestalt auf einer Nonne reitend.In der Folgezeit wurde das Kloster durch Kriege verwüstet und zeitweise entvölkert. Zur Deckung der laufenden Kosten wurden immer mehr Besitz und Rechte verkauft wodurch das einst wirtschaftlich so mächtige Kloster immer mehr verarmte.1626 wurde das Kloster an den Jesuitenorden vermacht die bis zu ihrer Auflösung 1773 Kloster Himmelthal bewohnten. In dieser Zeit entstanden die heutige Klosterkirche und Nebengebäude. Von den Anfängen des Klosters ist fast nichts mehr erhalten. Lediglich Grabsteine früherer Ordensschwestern aus dem 13 Jahrhundert sind heute noch in der Klosterkirche zu sehen.Nach einer aufwendigen Restaurierung und Sanierung der Kirche und Nebengebäude wurde der Komplex um einige Gebäude erweitert und beherbergt heute eine heilpädagogische Tagesstätte und private Sonderschule für Jugendliche.
